以氰化高鐵血紅蛋白為底物測定NADH-MetHb還原酶活性，或以二氯酚靛酚為底物測定黃遞酶活性，或以細胞色素b5為底物測定b5R活性。需強調指出的是，由于不同遺傳變異型的作用機制不同，試管中(高底物濃度下)測定的結果并不能確切地反映在活細胞內(低底物濃度下)催化效率減低的程度。因為，如果酶分子結構的改變使其與底物NADH的親和力減低(Km值增大)，在生理情況下，細胞內的NADH濃度很低，酶活性幾乎完全喪失;但在試管中測定酶活力時，加入的NADH相當于生理濃度的幾十倍甚至上百倍，完全可以測出酶的活性。若在低底物濃度下測定酶活性，必須用時間掃描記錄其瞬時初速度，否則誤差太大。其他遺傳性酶缺陷病也都有類似問題。
細胞酶活性異常的鑒別診斷：
1、細胞色素C氧化酶缺乏癥：細胞色素C氧化酶缺乏癥是范科尼綜合征的一種， 范科尼(Fanconi)綜合征是一種遺傳性或獲得性疾病.常與胱氨酸病相伴發,其特征是近端腎小管功能異常,引起葡萄糖尿,磷酸鹽尿,氨基酸尿及碳酸氫鹽尿.
2、血清堿性磷酸酶活性增高：堿性磷酸酶(ALP)是診斷膽道系統疾病時常用的指標。堿性磷酸酶存在于機體的各個組織，以骨骼、肝臟、腎臟含量較多。正常血清中的堿性磷酸酶主要來自于骨骼，由成骨細胞產生，經血液到肝臟，從膽道系統排泄。膽汁淤積性肝炎肝炎和肝外梗阻時此酶明顯升高，ALP只能提示膽道梗阻性病變，不能鑒別梗阻是良性還是惡性。
3、胰酶分泌或排出量降低：慢性胰腺炎(chronic pancreatitis)是由于各種因素造成的胰腺組織和功能的持續性、永久性損害。胰腺出現不同程度的腺泡萎縮、胰管變形、纖維化及鈣化，并出現不同程度的胰腺外分泌和內分泌功能障礙，臨床上主要表現為腹痛、腹瀉或脂肪瀉，消瘦及營養不良等胰腺功能不全的癥候。當慢性胰腺炎時，胰液量、碳酸氫鈉及各種胰酶分泌或排出量減少。典型慢性胰腺炎在我國較為少見，確診較難。
近年來，酶療法已逐漸被人們所認識，廣泛受到重視，各種酶制劑在臨床上的應用越來越普遍.如胰蛋白酶、糜蛋白酶等，能催化蛋白質分解，此原理已用于外科擴創，化膿傷口凈化及胸、腹腔漿膜粘連的治療等.在血栓性靜脈炎、心肌梗塞、肺梗塞以及彌漫性血管內凝血等病的治療中，可應用纖溶酶、鏈激酶、尿激酶等，以溶解血塊，防止血栓的形成等.
一些輔酶，如輔酶A、輔酶Q等，可用于腦、心、肝、腎等重要臟器的輔助治療.另外，還利用酶的競爭性抑制的原理，合成一些化學藥物，進行抑菌、殺菌和抗腫瘤等的治療.如磺胺類藥和許多抗菌素能抑制某些細菌生長所必需的酶類，故有抑菌和殺菌作用;許多抗腫瘤藥物能抑制細胞內與核酸或蛋白質合成有關的酶類，從而抑制瘤細胞的分化和增殖，以對抗腫瘤的生長;硫氧嘧啶可抑制碘化酶，從而影響甲狀腺素的合成，故可用于治療甲狀腺機能亢進等.
